6.6. Работа с Холоденко по теории метаболического контроля
24 марта 1989 года я записал в дневнике: «Вечером по телефону Б.И. повторил мне то, что говорил 20-го на лекции: на пространственных моделях работу не сделаешь, надо переходить к мат. моделям, основанным на теории контроля Качера–Бернса».
Позже Курганов вновь говорил в этом же духе, но я не был готов к такой работе. Ситуация изменилась 19 февраля 1991 года, когда Борис Холоденко (работавший в Институте физико-химической биологии им. А.Н. Белозерского МГУ) делал доклад на нашем семинаре (см. подраздел 6.5.11). Я записал: «После семинара долго сидели втроем. Обсуждали в основном использование теории метаболического контроля для обоснования идеи метаболона. Холоденко сделал некоторые прикидки и предложил мне доработать».
12 апреля: «Поехал в МГУ к Холоденко. Был у него 2,5 часа. Разбирались с выводом формул, которые Холоденко сделал еще в феврале… Обсудили дальнейшую работу». 22 апреля также обсуждали дальнейшую работу с Кургановым и Холоденко.
Роли распределились просто: Холоденко выводит из теоретических соображений формулы, а я должен подтвердить эти формулы с помощью числового примера. Холоденко объяснил, почему он хочет делать работу вместе со мной: по его мнению, я чувствую числа.
17 мая: «Сегодня Б.И. передал с Сугробовой письмо, которое пришло от Холоденко. Он уже написал текст статьи, мне осталось только дописать свою часть». Я стал ее набирать. Курганов сделал правку. 27 мая я начал работать над примером с помощью Quattro. Составил систему из 14 уравнений и пытался решить ее матричным методом. Но сколько ни бился – не получалось (результаты сильно менялись при изменении параметров в 10-м знаке после запятой). Советовался с Кургановым, с Холоденко, с Евгением Гельфандом (сыном нашей учительницы физики, с которым школьниками ездили вместе в Псков и Таллин, он тогда работал на кафедре биофизики биофака МГУ).
Советовался я и с товарищем по районному демократическому движению Анатолием Трофимовым (выпускником Физтеха), и он предположил, что моя система уравнений вырождена. 1 июля я после ряда манипуляций тоже пришел к такому выводу.
11 июля мы встречались с Холоденко, обсуждали текст статьи и мой пример. 14 июля: «Вечером, наконец, понял, почему у меня матрица вырождена». На следующий день я решил ввести дополнительный параметр, но Холоденко, с которым я разговаривал по телефону, с этим решением не согласился. Предложил другой параметр. 17 июля: «Утром до меня дошло, что Холоденко прав». В этот же день я был у Холоденко в МГУ, обсудили дальнейшую работу над статьей.
18 июля редактировал статью. 31 июля работали с Холоденко над статьей в сквере около его дома. Затем в ИНБИ я внес в статью правку. Доработал статью и 2 августа передал ее в редакцию журнала «Биохимия». Уже в ходе подготовки статьи к печати, 10 декабря, внесли в статью некоторые исправления. Статья «Модификация уравнений суммирования теории контроля метаболизма: случай концентраций ферментов, сравнимых с концентрациями субстратов» (авторы Б.Н. Холоденко, А.Е. Любарев, Б.И. Курганов) вышла в мартовском номере журнала за 1992 год.
Дальше мы работали над английским вариантом статьи, которую решили послать в «European Journal of Biochemistry». Работали над текстом с некоторыми перерывами в сентябре – декабре, периодически встречаясь, параллельно я делал новые расчеты. 17 декабря я начал переводить статью на английский.
Работа продолжалась в 1992 году. Дневника я тогда уже не вел, и в памяти остался лишь один яркий момент. Когда Владимир Петрович Скулачев (директор Института физико-химической биологии им. А.Н. Белозерского МГУ) стал главным редактором журнала «Биохимия» (это произошло в 1988 году), он в редакторской статье написал, что будет способствовать публикации лучших статей журнала в «European Journal of Biochemistry» (где он был членом редколлегии). Я по наивности понял это буквально. Когда Холоденко, будучи его сотрудником, показал дал ему статью, предназначенную для «European Journal of Biochemistry», Скулачев возмутился: мол, я же вас не так учил! Оказывается, чтобы статья из «Биохимии» могла быть опубликована в «European Journal of Biochemistry», ей нужно дать другое название – даже если две статьи идентичны. А мы хотели сильно переработанную статью публиковать под тем же названием.
В результате мы название изменили. Оно получилось длинным: «Control of the metabolic flux in the system with high enzyme concentrations and moiety-conserved cycles: the sum of the flux control coefficients can drop significantly below unity». В журнал она поступила 2 апреля 1992 года, исправленная после замечаний рецензента версия – 2 июля 1992 года. Вышла статья в том же 1992 году. По данным РИНЦ, на нее сделано 40 ссылок, по данным Google Scholar – 45 (на 19 февраля 2025 года).
Впрочем, в свою кандидатскую диссертацию я эту работу не стал включать.
