Рис. 7. Моделирование процесса формирования трехмерной молекулы полипептида SH3 по ходу ее синтеза рибосомой (слева направо по полукругу).

Слева направо: модель А-А-конформации, модель П-К-конформации, модель РСА-коиформации и модель А-А-конформации (с другой стороны). Их сравнение показывает, что все модели топологически едины.

Распределение аминокислотных остатков полипептида SH3 и А-А-связей между ними по трем компонентам связности графа А-А-кода

А-А-связи, шаг за шагом образующиеся между аминокислотными остатками полипептида SH3 по ходу его синтеза рибосомой, символизируются скобками, соединяющими соответствующие аминокислотные остатки. Скобки, стоящие слева от наименований аминокислотных остатков этого полипептида, символизируют А-А-связи, возникающие по ходу формирования его трехмерной молекулы, но затем на соответствующих стадиях этого процесса распадающиеся. Скобки, стоящие справа, символизируют совокупность А-А-связей не распадающихся, образование которых и ведет в конечном счете к формированию трехмерной молекулы полипептида SH3, находящейся в А-А-конформации.

b-структура полипептида SH3 согласно П-К-коду

Волнистые линии - П-К-пары аминокислотных остатков - их 16 из 27 пар, стоящих в суперпозиции аминокислотных остатков (60 %), что позволяет сформировать достаточно плотную гидрофобную защитную рубашку для всей данной b-структуры.

Титульный лист | Физико-химическая биология | Меклер